Kokcidióza je všeobecně rozšířené onemocnění, a proto ji nelze v praxi řešit eradikací. Pro tlumení kokcidiózy se používají zejména antikokcidika nebo vakcíny. Jako první byla na trh uvedena chemická antikokcidika. Leland Grumbles publikoval první referát o profylaktickém použití antikokcidik již v roce 1948. Popisuje v něm kontinuální aplikaci sulfachinoxalinu proti kokcidióze u drůbeže. Chemická antikokcidika byla shledána velmi účinnými a jejich popularita rychle rostla. Až do roku 1971 představovala jedinou možnost tlumení kokcidiózy, protože ionofory se začaly používat až v 70. letech 20. století.

Zvýšený zájem o chemická antikokcidika
V posledních letech se zvyšuje zájem o využití syntetických sloučenin, zejména ve Spojených státech. Narůst využití chemických antikokcidik je způsoben především omezením ionoforů, které jsou vnímány či klasifikovány jako antibiotika, a proto nemohou být používány v produkčních chovech prostých antibiotik („antibiotic-free“ nebo „NAE – no antibiotic ever“). V těchto systémech  došlo k výraznému zvýšení vakcinace brojlerů, často v kombinaci s chemickými antikokcidiky. Chemická antikokcidika jsou vysoce účinné přípravky, které umožňují výraznou redukci kokcidií. Silně omezují vylučování oocyst, a tak snižují infekční tlak prostředí. To je žádoucí před podáním vakcíny proti kokcidióze. Výrazná redukce terénních kmenů poskytne vakcinačním kmenům konkurenční výhodu, což je velmi příznivé pro atenuované vakcinační kmeny. I tam, kde se vakcinace neprovádí, je „chemická přestávka“, tedy nahrazení ionoforů jednou za rok chemickými antikokcidiky, vhodná pro snížení infekčního tlaku, který při aplikaci ionoforů nevyhnutelně narůstá.

Vylučování oocyst
Když se používají programy založené pouze na ionoforech, jsou počty oocyst v prostředí vysoké a s každým dalším turnusem rostou (obr. 1).

Výhradně chemický program značně sníží vylučování oocyst v porovnání s plně ionoforním programem a „vyčistí“ halu (obr. 2). V reverzním shuttle programu je ionofor aplikován ve startérové krmné směsi BR1, a také ve směsi BR2. Finišerová směs BR3 pak obsahuje chemické antikokcidikum. Výsledkem je dynamická redukce vylučování oocyst na konci výkrmu (obr. 3).

Některá chemická antikokcidika, například diklazuril, mají v Evropě nulovou ochrannou lhůtu a díky tomu mohou být používána k tlumení kokcidiózy až do porážky. Využití chemických antikokcidik v reverzním shuttle programu se doporučuje tam, kde maximální výskyt střevních lézí způsobených kokcidiemi nastupuje ke konci výkrmu (kolem 35. dne). Chemická antikokcidika mají různé mechanismy účinku, proto zde není riziko zkřížené rezistence mezi různými přípravky. Chemická antikokcidika na rozdíl od ionoforů nevykazují žádnou antimikrobiální aktivitu ani přímý inhibiční vliv na růst grampozitivních bakterií, jako je například Clostridium perfringens. Výrazně však snižují výskyt subklinické a klinické kokcidiózy, proto mají na bakterie nepřímý efekt, neboť odstraňují nejvýznamnější predispoziční faktory pro rozvoj nekrotické enteritidy (NE) a dysbakteriózy.

Chemická antikokcidika jsou poměrně bezpečné látky. Naproti tomu ionofory mají bezpečné rozmezí mnohem užší a mohou se objevit problémy s toxicitou v případě chyb v zamíchání do krmiva či křížové kontaminace. V důsledku silného antiparazitárního účinku chemických antikokcidik je rozvoj snížené citlivosti v populaci kokcidií rychlejší, zejména v porovnání s ionoforními antikokcidiky. Dojde k podstatné redukci senzitivních kmenů kokcidií, což uvolní prostor pro rezistentní kmeny, které mohou být současně přítomny, a ty se pak snáze množí a mohou převládnout v parazitární populaci (obr. 4).

Proto by antikokcidika obecně, zejména chemická, měla být používána uvážlivě, aby nedošlo ke snížení citlivosti kokcidií. Pro dlouhodobé tlumení kokcidiózy je optimální střídání různých antikokcidických prostředků (ionoforní a chemická antikokcidika, vakcíny). S ohledem na výhody a nevýhody různých nástrojů tlumení kokcidiózy, a také zkušenosti z praxe, byly vytvořeny pokyny a doporučení. Obecně se doporučuje tzv. rotační program, protože dlouhodobé používání jedné látky vede k její snížené účinnosti. Stejná sloučenina by neměla být používána příliš dlouho a pauza před jejím opětným zařazením by měla být dostatečně dlouhá (obr. 5).